Ну это было бы отлично

Обновление проходит следующим образом.
На update.santafox.ru лежат релизы.
Когда админ заходит в админку, админка отправляет номер своей версии на пхп-ник, который там же лежит. Пхп возвращает номер последнего апдейта, который для этой версии доступен.
CMS скачивает его к себе (там только измененные файлы).
Затем происходит следующий процесс. Есть в обновлении файл update.php
Там прописываются инструкции которые надо сделать ДО того как заменить родные файлы обновленными и ПОСЛЕ того.
Т.е. в инструкции "ДО", можно записать какие-то подготовления к той же БД, в секции "ПОСЛЕ" - создание каких-то дополнительных полей в тех же БД.