Та же проблема, но другая ошибка у другого сайта при попытке обновиться с 3.12 на 3.13:
Fatal error: Call to undefined method kernel::pub_user_ip_get() in /home/u21263/www.мой_сайт/www/include/security.class.php on line 502
См. скрин

При этом сайт "умер", оставив после себя лишь ошибку, сделал только скрин

Благо восстановление архива на хостинге спасло ситуацию. Как оказалось, штатное копирование почему-то не сработало.
Но вопрос остался. Что не так для обновления? Чего не хватает?